El archipiélago indonesio está constituido por 17,000 islas. Estas albergan aproximadamente el 12% de los mamíferos del mundo, 16% de los reptiles y anfibios, 17% de las aves y el 25% de las poblaciones mundiales de peces.
Indonesia se encuentra en la zona de transición entre dos de las principales regiones faunísticas del mundo: el oriental de Asia en el oeste y el australiano de Australia y Nueva Guinea en el este.
Al oeste, la comunidad animal asiática incluye mamíferos tales como rinocerontes, tapires, tigres y elefantes.
Los relacionados con la fauna australiana incluyen aves como las cacatúas, los pergoleros y las aves del paraíso, así como marsupiales como bandicuts y cuscús.
Asimismo, muchas de las islas contienen especies endémicas como el pavo real de Java y el drongo (Sumatra), el serau común (Sumatra), el babirusa (Celebes) y el tamarau (Celebes) y el dragón de Komodo (Rinca y Komodo).
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